Gli stemmi studenteschi dell' Archiginnasio, che fu sede dell'ateneo sino al 1803

La più antica università europea, lo Studium, nacque come libera e laica organizzazione fra studenti che sceglievano e finanziavano in prima persona i docenti. Essi si organizzarono in collegi per l'aiuto reciproco fra compagni della stessa nazionalità (nationes), divise inintramontani (o citramontani) ed ultramontani. Già nel XII secolo erano ben 17 le subnationes intramontane e 14 le ultramontane. A testimonianza di ciò, nel palazzo dell'Archiginnasio (che fu sede dell'Università), è presente un complesso araldico di quasi 6000 stemmi studenteschi. È inoltre attivo ancora oggi il pregevole Collegio di Spagna, certamente il più famoso tra i numerosi fondati fra il XIII ed il XVII secolo.

Il modello bolognese si contrapponeva a quello parigino delle università di maestri legati alla Chiesa e all'autorità monarchica. In seguito lo stipendio dei professori fu messo a carico del Comune di Bologna.

L'origine dello Studium si deve all'incontro di insigni studiosi di diritto detti glossatori che furono chiamati a commentare gli antichi Codici del Diritto Romano. I primi studi furono quindi incentrati sul diritto e fra i primi eruditi di cui si ha documentazione sono Pepone, Irnerio e Graziano (autore del Concordantia discordantium canonum, primo manuale di diritto canonico). Nel 1158 Federico I promulgò la Costitutio Habita (o Authentica Habita) con cui l'Università venne tutelata come luogo di ricerca e studio indipendentemente da ogni altro potere.

A partire dal XIV secolo si aggiunsero ai giuristi anche studiosi di logica, astronomia,medicina, filosofia, aritmetica, retorica, grammatica e poi teologia, greco ed ebraico.

Nel XV secolo l'ateneo si ridimensionò un poco ma mantenne giuristi di prestigio come ad esempio Andrea Alciato.

Nel XVI secolo vennero istituiti i primi insegnamenti di "magia naturale", ovvero ciò che conosciamo oggi come scienza sperimentale. Figure di rilievo furono Pietro Pomponazzi, che sfidò le posizioni tradizionaliste della teologia sostenendo lo studio delle leggi naturali e Ulisse Aldrovandi, che fondò le basi delle scienze naturali. Nello stesso periodo l'università divenne un centro di eccellenza per l'algebra, con esponenti di spicco come Gerolamo Cardano e Scipione del Ferro.

La medicina fece progressi enormi grazie al contributo di Gaspare Tagliacozzi e di Marcello Malpighi.

Il teatro anatomico dell'Università di Bologna, costruito nel 1637 e situato nel Palazzo dell'Archiginnasio

La fama dell'Università fece diventare Bologna meta di ospiti e studiosi illustri. Negli oltre nove secoli di storia, si ricordano fra i suoi studenti personaggi di spicco Dante Alighieri, Francesco Petrarca, Guido Guinizelli, Cino da Pistoia, Cecco d'Ascoli, Re Enzo, Salimbene da Parma, Coluccio Salutati e poi Tommaso Becket, Paracelso, Erasmo da Rotterdam, Papa Niccolò V, Raimundo de Pegñafort, Albrecht Dürer, san Carlo Borromeo, Torquato Tasso, Carlo Goldoni.

Studiarono a Bologna anche Pico della Mirandola e Leon Battista Alberti mentre Nicolò Copernico vi studiò diritto pontificio.

Nel XVII secolo nacquero anche fiorenti scuole di pittura fondate dai Carracci, Guido Reni e il Guercino e una scuola di architetti e pittori scenografi che acquistò, col Ferdinando Bibbiena ed il figlio Antonio, una fama di livello europeo.

Nel XVIII secolo papa Lambertini (Benedetto XIV) favorì l'Istituto di Scienze con doni di materiale scientifico della propria biblioteca e incoraggiò arte e scienza in diversi modi. La scossa culturale lambertiniana aggiunse alla cattedra di matematica superiore quelle di meccanica, fisica, algebra, ottica, chimica e idrometria e portò a Bologna matematici ed astronomi come Domenico Guglielmini, Eustachio e Gabriele Manfredi o medici e naturalisti come Jacopo Bartolomeo Beccari, Pier Paolo Molinelli. Le scienze e la tecnologia mostrarono il loro sviluppo con gli studi pionieristici di Luigi Galvani sull'elettricità ma, grazie al rilancio degli studi di storia ed erudizione, non mancarono letterati come Ercole Francesco e Giampietro Canotti, storici come Giovanni Grisostomo Trombelli e Ludovico Ravioli e il commediografo Francesco Albergati. Numerosi valenti artisti illustrarono Bologna come gli architetti Carlo Francesco Dotti e Alfonso Torreggiani, pittori come Donato Creti, Giuseppe Maria Crispi e Vittorio Bigari.

Nei secoli seguenti spiccarono figure come Giovanni Capellini, Giosuè Carducci, Giovanni Pascoli, Augusto Righi, Federigo Enriques, Giacomo Ciamician e Augusto Murri.

L'Università continuò a mantenere una posizione fondamentale nel campo della ricerca e della formazione fino alla prima guerra mondiale quando altre realtà presero il sopravvento nella scena culturale europea.

Come eredità della sua lunga storia l'Università possiede oggi numerosissime raccolte e musei, oltre alla biblioteca universitaria, che risale al 1712 ed ha attualmente sede presso lo storico palazzo Poggi. Fino al 1803 aveva invece sede nel più noto Archiginnasio, il quale mantiene all'interno della propria struttura locali utilizzati in passato per le lezioni universitarie. Tra queste vale la pena di ricordare il notevole teatro anatomico.

Oggi l'Università di Bologna resta una istituzione di grande prestigio ed un punto di riferimento in campo nazionale ed internazionale; è la migliore università italiana secondo la classifica "Times Higher Education the top 200 world universities 2008" nella classifica assoluta (in cui occupa il 192° posto).Al fine di migliorarne la qualità,è stato redatto nell'estate 2008 il nuovo regolamento studenti che elimina la figura dello studente lavoratore mediante l'uso della decadenza al terzo anno fuori corso.

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Proprio a Bologna è stato ratificato recentemente un trattato per il rinnovo e l'armonizzazione dei sistemi universitari europei (Dichiarazione di Bologna). E' prevista infatti la trasformazione della stessa in fondazione privata per il 2010-2011.

L'Università è tra i membri fondatori del consorzio interuniversitario Cineca.